Jan Bernard Szlaga, syn Jana i Heleny z domu Ściesińskiej, urodził się 24 maja 1940 roku w Gdyni, w domu przy ul. Kurpiowskiej 13. Ochrzczony został 2 czerwca 1940 roku przez ks. prob. Pawła Lubińskiego w kościele parafialnym Chrystusa Króla w Gdyni Małym Kacku. Ojciec, przed wojną pracownik Poczty Polskiej w Gdyni, pracował wówczas na kolei. Do pracy na poczcie w Gdyni, w ekspedycji telegramów, powrócił po zakończeniu II wojny światowej. Matka nigdy nie pracowała zawodowo. Był najmłodszym z sześciorga rodzeństwa (Tadeusz, Genowefa, Małgorzata i Maria; nie żył najstarszy syn, Kazimierz, zmarły we wczesnym niemowlęctwie). Rodzice zmarli w pierwszych „lubelskich” latach ks. Jana Szlagi – ojciec w roku 1967, a matka w 1971r. Wkrótce potem, w 1972, zmarł brat Tadeusz, były więzień łagru w Workucie, w 1997r. zmarła najstarsza siostra Genowefa, a w 2008 Małgorzata.

Do szkoły podstawowej uczęszczał w Gdyni („Trzynastka”) w latach 1947-53. Po pierwszym roku nauczania uzyskał promocję do klasy III. Do I Komunii świętej przystąpił 26 czerwca 1949 roku w kościele parafialnym w Gdyni, a 8 października 1950 otrzymał sakrament bierzmowania z rąk bpa Bernarda Czaplińskiego i przyjął nowe imię Kazimierz. Jeszcze przed I Komunią świętą zaczął służbę ministrancką. W ostatnich latach szkoły podstawowej ks. prob. Robert Rompa wyznaczył go na prezesa koła ministrantów.
W życiu parafialnym aktywny był ojciec, wieloletni radny parafialny. Matka aktywnie uczestniczyła w kole Żywego Różańca.
Po ukończeniu szkoły podstawowej w 1953 roku rozpoczął naukę w szkole średniej, najpierw w Collegium Leoninum w Wejherowie, gdzie ukończył klasę VIII i IX.
Od roku 1955/56 był uczniem Collegium Marianum w Pelplinie. Grono profesorskie tej szkoły było już po części złożone z profesorów Wyższego Seminarium Duchownego.
W 1957 Jan Szlaga zdał w Pelplinie pierwszą maturę, prywatną, za którą uzyskał Nagrodę Rektora WSD. W czasie studiów w Wyższym Seminarium Duchownym, w roku 1959, po ukończeniu klasy XI w Korespondencyjnym Liceum Ogólnokształcącym w Gdańsku („Topolówka”), zdał państwową maturę.
26 listopada 1959 roku przyjął pierwszą tonsurę z rąk bpa Kazimierza Józefa Kowalskiego, który Ordynariusz diecezji, udzielił Janowi Szladze wszystkich święceń, niższych i wyższych – 7 marca 1960 ostiariatu i lektoratu, 7 marca 1961 egzorcystatu i akolitatu, zaś 22 grudnia 1962 subdiakonatu. 9 marca 1963 roku diakonatu.
2 czerwca 1963 roku, uzyskawszy dyspensę od wieku, przyjął święcenia kapłańskie, odprawił Mszę świętą prymicyjną w Gdyni Małym Kacku, po czym pracował jako wikariusz w Łęgu (VII-VIII 1963) i w Jabłonowie Pomorskim (1963-65).
Dnia 1 października 1965 roku zaczął studia specjalistyczne z zakresu biblistyki na Katolickim Uniwersytecie Lubelskim, gdzie w 1968 roku uzyskał tytuł magistra teologii oraz stopień licencjata teologii w zakresie nauk biblijnych. W 1970 roku uzyskał stopień doktora teologii w zakresie nauk biblijnych. Promotorem obydwu prac, nagrodzonych Nagrodą Rektora KUL, był ks. prof. Feliks Gryglewicz. Rok wcześniej, 1 września 1969, na wniosek ks. prof. Stanisława Łacha, zaczął asystenckie studia przygotowawcze i został zaangażowany na stanowisku redaktora merytoryczno-leksykograficznego w redakcji „Encyklopedii Katolickiej”, wydawanej przez KUL. Dnia 1 października 1970 roku, pozostając w redakcji EK, rozpoczął zajęcia dydaktyczne, zaangażowany na stanowisku asystenta na Wydziale Teologicznym KUL, gdzie przeszedł kolejno wszystkie stopnie angażu naukowego – od asystenta, przez starszego asystenta do adiunkta. W roku akademickim 1972/73 odbył studia specjalistyczne na Papieskim Instytucie Biblijnym w Rzymie, na podstawie których uzyskał stopień licencjata nauk biblijnych, formalnie przyznany w styczniu 1974, po złożeniu, już po powrocie do kraju i po przyjęciu pracy pisemnej, przepisanego wyznania wiary.  W roku 1976 habilitował się na Wydziale Teologicznym KUL na podstawie rozprawy „Nowość przymierza Chrystusowego według Listu do Hebrajczyków” (wyszła drukiem w Lublinie w 1979 i uzyskała Nagrodę Rektora KUL), po czym w 1979 roku został powołany na stanowisko docenta i kierownika Katedry Egzegezy Ksiąg Narracyjnych Nowego Testamentu. W 1983 roku został powołany na stanowisko profesora w tejże Katedrze i uzyskał tytuł profesora nadzwyczajnego. Wcześniej, w roku 1977, został mianowany profesorem egzegezy NT (kwestie wybrane) w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie. W 1987 roku był przez dwa miesiące stypendystą Katolickiego Uniwersytetu w Leuven.
Od roku 1971 należy do Towarzystwa Naukowego KUL, od roku 1983 jako członek czynny. W roku 1985 został przyjęty do Studiorum Novi Testamenti Societas.
Na KUL-u pełnił różne funkcje administracyjne. Był wicedyrektorem Konwiktu Księży Studentów KUL (1975-83), następnie od 1983 roku dyrektorem tegoż Konwiktu. Przed odejściem z Lublina zdołał uzyskać pozytywną decyzję na rozbudowę Konwiktu, która rozpoczęła się już wiosną 1989 roku. W latach 1979-81 był prodziekanem Wydziału Teologicznego, a w 1981-84 jego dziekanem, po czym w 1984 roku został wybrany na prorektora KUL (ponownie wybrany w 1986). Również w 1984 roku został mianowany kapelanem honorowym Jego Świątobliwości. Ze względu na pracę wśród młodzieży inwigilowany przez Służbę Bezpieczeństwa, kilkakrotnie wzywany był do stawienia się
w Urzędzie do Spraw Wyznań (zwłaszcza u panów Kotowskiego i Stekkera).
W latach 1969-88 pracował w zespole redakcyjnym „Encyklopedii Katolickiej”,
a w latach 1981-88 był członkiem redakcji naczelnej tejże encyklopedii. Przez jeden semestr, od lutego 1988 roku, był członkiem kolegium redakcyjnego Ethosu, wydawanego przez KUL–owski Instytut Jana Pawła II. Uczestniczył w pracach wielu komisji KUL, m.in. przewodniczył komisji stypendialnej, komisji kontrolnej, komisjom rekrutacyjnym. Przez wiele lat był sekretarzem generalnym Towarzystwa Przyjaciół KUL.
Podczas wakacji i ferii służył pomocą duszpasterską w swojej rodzinnej parafii – głosił Słowo Boże i spowiadał.
26 maja 1988 roku został prekonizowany na biskupa tytularnego maskulitańskiego
i pomocniczego chełmińskiego. Bullę nominacyjną podpisał papież Jan Paweł II dnia
13 czerwca 1988 roku, sama zaś nominacja została ogłoszona przez Radio Watykańskie
11 czerwca 1988 roku.
Konsekracja odbyła się w Pelplinie 25 czerwca 1988 roku. Biskupami konsekratorami byli kardynał Józef Glemp, Prymas Polski, abp Francesco Colasuonno, Nuncjusz Apostolski do Spraw Specjalnych Poruczeń, bp Marian Przykucki, ordynariusz chełmiński. Na zawołanie biskupie wybrał hasło „Parare vias Domini”, słowa z Benedictus o św. Janie Chrzcicielu.
Po przyjęciu sakry biskupiej, zajęcia dydaktyczne na KUL-u zachował w wymiarze pół etatu, natomiast rozszerzył zakres wykładów w Wyższym Seminarium Duchownym w Pelplinie (Wstęp do Ewangelii, Nowy Testament, język łaciński, seminarium magistranckie). Pozostał też nadal współpracownikiem redakcji Encyklopedii Katolickiej, a odpowiedzialny był  głównie za dział archeologii biblijnej (do roku 1996). W roku akademickim 1991/92 podjął jako profesor zwyczajny wykłady monograficzne z symboliki biblijnej na Wydziale Filologiczno-Historycznym Uniwersytetu Gdańskiego (od roku 1992/93 była to praca na połowie etatu). Współpraca ta trwała 10 lat. Nadto prowadził okolicznościowe zajęcia i wykłady na UKSW, Papieskim Wydziale Teologicznym we Wrocławiu, Poznaniu, Białymstoku oraz Katowicach. Nadal jedna był zapraszany jako recenzent czy  promotor rozpraw doktorskich i habilitacyjnych na KUL, UKSW, UG, PAT, UMK. Pracę dydaktyczną na KUL-u zakończył 30 września 1995 roku, czyli po 25 latach.
Jako wikariusz generalny w diecezji chełmińskiej miał pod nadzorem sprawy nauki katolickiej, katechizacji; przewodniczył radzie programowej Wydawnictwa Diecezjalnego
i wielu komisjom diecezjalnym; kierował diecezjalnymi zespołami II Polskiego Synodu Plenarnego. W ramach Konferencji Episkopatu Polski był członkiem Komisji Duszpasterstwa Rodzin, Komisji Duszpasterstwa Akademickiego, Komisji do Spraw Katolickiego Uniwersytetu Lubelskiego i Komisji do Spraw Ekumenizmu. W Adwencie 1992 r. głosił rekolekcje księżom biskupom zebranym na Jasnej Górze. W roku 1995 został członkiem Komisji do Spraw Liturgii i przewodniczącym sekcji służby liturgicznej. Po reorganizacji struktur Konferencji Episkopatu Polski został 2 maja 1996 wybrany na przewodniczącego Rady Naukowej Konferencji Episkopatu Polski. Był także członkiem Rady do Spraw Ekumenizmu Konferencji Episkopatu Polski, a nadto (od 1997) uczestniczył w pracach Komisji do Spraw Dialogu pomiędzy Konferencją Episkopatu Polski a Polską Radą Ekumeniczną.
Dnia 19 marca 1992 roku Jan Bernard Szlaga został prekonizowany na pierwszego biskupa diecezjalnego pelplińskiego. Nominacja ta została ogłoszona 25 marca 1992 roku. Rządy w nowo powstałej diecezji pelplińskiej objął 29 marca 1992 roku. Uroczysty ingres do Bazyliki katedralnej w Pelplinie odbył 24 maja 1992 roku.
Jako biskup diecezjalny przeprowadził reformę administracji diecezji w ramach dekanatów, ustanowił nowe parafie, błogosławił i poświęcał nowe kościoły, utworzył Kapitułę Kartuską i Koronowską. Zwołał I Synod Diecezji Pelplińskiej. Zwołał i przeprowadził diecezjalny Kongres Eucharystyczny (1993), diecezjalny Kongres Trzeźwości (1994) i diecezjalny Kongres Różańcowy (1998). Wysłał większą liczbę księży na studia w kraju i za granicą, aby przygotować obsadę urzędów diecezjalnych i stanowisk profesorskich w Seminarium. W 1994 r. powołał do istnienia Katolicką Rozgłośnię Diecezji Pelplińskiej Radio „Głos”.
Zainicjował proces beatyfikacyjny kapłanów-męczenników okresu II wojny światowej.
Biskup Jan Bernard Szlaga ze szczególną gorliwością zabiega o piękno, a co najmniej o poprawność sprawowania liturgii.
Dbałość o stan materialny Kościoła diecezjalnego wyrażała się przede wszystkim w trosce o Bazylikę katedralną. Pod patronatem Biskupa przeprowadzono renowację wnętrza Bazyliki i krużganków oraz całkowicie odnowiono strefę ołtarzową. Wszystkie te działania wysoko oceniła Kapituła Konserwatorów Wojewódzkich, którzy w roku 2004 jednomyślnie przyznali ks. biskupowi Szladze tytuł Conservator Ecclesiae.
W diecezji ożywił kontakty z księżmi przez spotkania formacyjne i poprzez kolędy dekanalne. W Pelplinie biskup Jan Bernard Szlaga odbywa kolędę u każdego kapłana. Zarządził jako obowiązkowe coroczne rekolekcje kapłańskie i comiesięczne dni skupienia w dekanatach.
Instytut Duszpasterstwa Sakramentalnego przekształcił w Instytut Formacji Kapłańskiej, który patronuje wszystkim pokoleniom księży.
W Pelplinie wznowił tradycję dni skupienia kapłanów pelplińskich. Biorąc pod uwagę realną sytuację i wszystkie możliwe okoliczności, po przedstawieniu sprawy Ojcu Świętemu, odstąpił od afiliacji Wyższego Seminarium Duchownego do Wydziału Teologicznego Uniwersytetu Laterańskiego, poszerzając współpracę z Wydziałem Teologii KUL, a następnie z Wydziałem Teologicznym UMK. Nadto powołał kolegia teologiczne do kształcenia katechetów. Erygował dom dla księży emerytów im. Biskupa Kazimierza Józefa Kowalskiego w Pelplinie (1996). W 1998 roku połączył Wydawnictwo Diecezjalne i Wydawnictwo Wyższego Seminarium Duchownego „Bernardinum”, w wyniku czego powstała nowa oficyna – Wydawnictwo Diecezji Pelplińskiej „Bernardinum”. Powołał do istnienia uniwersytety ludowe w Chojnicach, Starogardzie, Karolewie. Utworzył w diecezji licea katolickie w Tczewie, Lęborku, Chojnicach, Kartuzach i Świeciu. W Pelplinie z wielkim rozmachem rozpoczął odbudowę Collegium Marianum, 2000 roku czynnego jako liceum męskie z internatem.
Ustanowił Medal za Zasługi dla Diecezji Pelplińskiej, przyznawany osobom świeckim za wkład w duszpasterstwo, kulturę i naukę diecezji pelplińskiej.
Z Gdyni do Tczewa przeniósł tamtejsze studium teologiczne i ustanowił je Instytutem Teologicznym Diecezji Pelplińskiej, podtrzymując umowę dydaktyczno-administracyjną z ATK (następnie UKSW) w Warszawie. W 1997 roku ogłosił patronką Instytutu św. Jadwigę Królową i w tym samym roku wziął udział w pielgrzymce profesorów i studentów Instytutu do Krakowa, do grobu św. Jadwigi. Honorowym patronatem objął sesje naukowe zorganizowane przez Instytut Teologiczny Diecezji Pelplińskiej, Punkt Konsultacyjny ATK w Tczewie: w 1994 na temat „Morze, teologia – kultura – historia”  i w 1997 na temat „Płciowość człowieka w kontekście wychowania osoby ludzkiej”. Wyraził zgodę na założenie i wydawanie przez Instytut Teologiczny w Tczewie rocznika teologiczno-historycznego pt. Folia Pomeraniae (1995) oraz powołał serię wydawniczą pod nazwą Biblioteka Instytutu Teologicznego (1998).
W Gorzędzieju ustanowił sanktuarium Świętego Wojciecha. Dla fary chojnickiej Ścięcia Świętego Jana Chrzciciela uzyskał tytuł bazyliki mniejszej. Po koronacji koronami papieskimi obrazów Matki Bożej powołał do istnienia Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Pocieszenia w Lubiszewie (1997) oraz Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Kościerskiej, Królowej Rodzin (1998). W Chojnicach, w 1997 roku powołał do istnienia Diecezjalne Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej. Ogłosił św. Wojciecha Biskupa i Męczennika patronem Starogardu, św. Jakuba Apostoła patronem Lęborka, bł. Józefa Jankowskiego patronem Brus, św. Brunona patronem Kartuz. W toku są starania o uczynienie patronką Bytowa św. Katarzyny Aleksandryjskiej.
Odbył trzy pielgrzymki do Ziemi Świętej, najpierw prywatną w roku 1980, a potem patronował pielgrzymkom diecezjalnym w roku 1992 i 1994. Uczestniczył w pielgrzymce delegacji Episkopatu Polski do Dachau w roku 1989. Był delegatem Episkopatu Polski na sesję ekumeniczną w Santiago de Compostela (1991). Uczestniczył w kongresach biblijnych, m.in. w Getyndze, Mediolanie, Bielefeld, Wiedniu i Edynburgu. Kilkakrotnie spieszył z posługą biskupią do Niemiec (Würzburg, Hamburg, Schönstatt) do Francji (Paryż i Zjazd Polonii w Osny), Austrii (Wiedeń, Erl), Belgii, Norwegii, Wielkiej Brytanii, na Ukrainę. Szczególne znaczenie mają zagraniczne podróże duszpasterskie do Moskwy (1994), do Stanów Zjednoczonych Ameryki (1995) i do Meksyku (1998). W 1997 roku powołał Chrześcijańską Szkołę pod Żaglami i jest jej patronem. Pierwszą załogę tej Szkoły pożegnał w Szczecinie przed rejsem dalekomorskim 25 września 1998 roku (sam rejs rozpoczął się 29 września).
W 1993, 1998 oraz w 2005 roku, wraz z wszystkimi polskimi biskupami diecezjalnymi, składał wizytę ad limina Apostolorum w Rzymie. W październiku 1994 roku, wybrany przez Konferencję Plenarną Episkopatu Polski i powołany przez Ojca Świętego, brał udział w zwyczajnej sesji Synodu Biskupów w Rzymie, poświęconej życiu konsekrowanemu. Na Synod o Piśmie Świętym (2008) został wybrany jako zastępca członka. W listopadzie 1995 roku gościł w Bazylice katedralnej w Pelplinie, a następnie w swojej rezydencji, Lecha Wałęsę, prezydenta RP.
Na zaproszenie ks. biskupa Jana Bernarda Szlagi w czerwcu 1998 roku, po raz pierwszy w Pelplinie, odbyło się 295. zebranie plenarne Konferencji Episkopatu Polski.
W 1998 roku rozpoczął w diecezji pelplińskiej przygotowania do wizyty Ojca Świętego w Pelplinie. Na zaproszenie Księdza Biskupa Ojciec Święty przybył do Pelplina 6 czerwca 1999 roku.
Ustanowił w diecezji instytucję nadzwyczajnych szafarzy Komunii świętej, a także wyświęcił pierwszego diakona stałego.
Oprócz rozprawy habilitacyjnej opublikował wiele artykułów, rozpraw, przyczynków i haseł encyklopedycznych. Był redaktorem wielu prac zbiorowych, w tym zwłaszcza „Wstępu ogólnego do Pisma Świętego” (Poznań 1986), w którym zawarł m.in. własne opracowanie hermeneutyki biblijnej. Był recenzentem blisko 300 prac magisterskich,
w tym 150 napisanych pod jego przewodnictwem, promował czterech własnych doktorów, a piętnastu innym napisał recenzje doktorskie; siedem razy jako recenzent uczestniczył
w przewodach habilitacyjnych, m.in. w przewodzie ks. dr. Michała Czajkowskiego (1987) i ks. dr. Waldemara Chrostowskiego na ATK (1996), a nadto w opiniowaniu wniosków
o awansach profesorskich.
Dnia 9 lutego 1996 roku otrzymał nagrodę „Media książce”, przyznaną za zbiór wywiadów na tematy religijne, głównie biblijne, jakie przeprowadziła red. Marzena Burczycka-Woźniak i zawarła w zbiorze „Reportażu stamtąd nie będzie” (Poznań 1995). Nagrodę przyznały trzy redakcje: Radio Plus, „Dziennik Bałtycki” i Telewizja Gdańsk. W 2005 roku ukazał się kolejny zbiór rozmów zatytułowany „Na początku była miłość”, tej samej autorki.
Opublikował wiele listów pasterskich. Obok nadal publikowanych artykułów naukowych, rozwinął działalność pisarską w ramach małych form publicystycznych – artykułów i felietonów, zamieszczanych głównie w „Pielgrzymie”, „Inspiracjach” oraz „Mszy świętej”. Ukazały się cztery tomy jego refleksji biblijno-liturgicznych „Przy stole słowa Bożego”, będących zapisem konferencji wygłoszonych na falach Rozgłośni Diecezji Pelplińskiej Radia „Głos”. W ramach cyklu „Biblioteka Pielgrzyma”, Wydawnictwo Diecezjalne wydało „Powtórkę z Biblii”, zbiór artykułów dotyczących problemów związanych z Pismem Świętym, opublikowanych wcześniej na łamach „Pielgrzyma”.
Biskup Pelpliński, ks. prof. dr hab. Jan Bernard Szlaga jest honorowym obywatelem Chojnic, Tucholi, Zblewa, Tczewa, Kościerzyny, Pelplina, Starogardu, Łeby, Gdyni.
24 marca 2012 roku odbyły się w Pelplinie uroczyste obchody 20-lecia powstania diecezji pelplińskiej. Tego dnia Stolica Apostolska ogłosiła decyzję o mianowaniu kapłana diecezji pelplińskiej ks. prał. dra hab. Wiesława Śmigla biskupem pomocniczym Diecezji Pelplińskiej. Konsekracja odbyła się 21 kwietnia w bazylice katedralnej w Pelplinie. Pogorszenie stanu zdrowia biskupa Jana Bernarda Szlagi nie pozwoliło mu konsekrować swojego biskupa pomocniczego. Tak więc uroczystości  przewodniczył abp Sławoj Leszek Głódź, metropolita gdański.
W niedzielę 22 kwietnia biskup Jan Bernard Szlaga trafił do szpitala w Starogardzie Gd. 25 kwietnia 2012 zmarł. W komunikacie lekarskim czytamy, iż śmierć nastąpiła „z powodu masywnego krwawienia z przewodu pokarmowego spowodowanego rozwijającym się wrzodem dwunastnicy”.